御朱印の発祥時期については諸説ありますが、かつて巡礼者がお寺へお経を納めた証として受け取った書付（かきつけ）と判が起源と言われています。

最近では神社仏閣への参詣の証として喜ばれていて、神仏との縁の繋がりと参詣の足跡をたどれるものとして集められることが多いようです。